2000年9月13日第二次冲击爆发在南极大陆上发生的这起大灾难造成地轴偏斜海平面上升全球气候改变世界人口减半2015年不明巨型生物使徒在日本登陆并向第3新东京市袭来国联军与使徒的作战失败作战指挥权移至NERV碇真嗣被父亲NERV总司令碇源堂召唤而来NERV作战部长葛城美里带其到地下都市NERV总部最后半推半就地驾驶着泛用人型决战兵器EVANGELION初号机与使徒对抗