14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市本以为能见到父亲迎接的他却见到名为使徒的巨大生物与军队交火危急之下特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下并将其带往碇元渡所统领的NERV总部但迎接真嗣的却是父亲冷酷地命令驾驶称为EVA的巨大人型机器人与使徒战斗