2029年公安九课在市容很像香港的日本城市新港市中执行各种秘密任务九课因为不顾正当程序的自作主张强硬行事往往与政府其他部门起冲突例如负责外交的公安六课就与九课不合另一方面九课之中的重要人物全身是义体的机械生化人草薙素子对于自己的现状一直隐隐感到不满有一天公安九课因为一件外国政要的刺杀未遂案而开始追查神秘的黑客傀儡师傀儡师能透过网络入侵人脑植入虚拟记忆再利用记忆被窜改的对象来达成目的虽然九课的追查没有成功藏有傀儡师的灵魂的机械生化人却自行来到九课公安六课随后赶来将傀儡师绑走草薙素子因为在事前就推测出六课的绑架行动而成功拦截傀儡师这时发现原来傀儡师并不是人类而是公安六课设计来非法操纵人类的电脑程式2501计划2501计划在意外中产生自觉意识决定逃出六课以求生存并且要求和草薙素子的灵魂融合以求进一步发展草薙素子最后在同事巴特的协助与掩护下完成融合并且脱离政府掌握下落不明其意识与整个网络融合