小智皮卡丘长尾怪手终于到达神奥地方小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家小光亦想成为顶尖协调训练家于是由双叶镇出发展开路程在其后小智的同伴小刚归队二人邂逅了小光自此三人一同结伴旅行几经辛苦小光终于集齐5枚缎带徽章她在神奥华丽大型庆典表示出色首次参加便晋级至决赛但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章他在神奥联盟有好开始在第1回战打败尚志第2回战打败某女路人第3回战16强打败考平8强更打败真司可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多4强出局神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方但小光因卷卷耳被邀请而不能前来当天日落小智在码头上和小光以最后一次击掌道别与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方翌日日出后小智和小刚回到关都地方在往真新镇及尼比市的分叉路口小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别小智和皮卡丘终于看见真新镇他们跑进返回真新镇前的最后一段路神奥之旅正式划上句号