这一季延续了前作的故事所有变形金刚的火种都来自于矩阵当他们死亡时火种会回归矩阵记忆也会伴随火种一起回归矩阵会把这些记忆分解成数据进行分析在分析中不断进行自我学习最终实现系统的升级换代擎天柱摧毁了他的世界他必须在矩阵发生之前面对后果巨无霸在击败巨狰狞后返回赛博坦星球却发现所有居民的火种都被囚禁擎天柱黄豹和黑寡妇被迫变回兽形态并失去了大部分记忆他们在地下发现了核心电脑那是一种超级计算机从中可以获得新的科技有机体形态巨无霸必须解放被囚禁的火种帮助同伴银箭和犀牛解开自己的命运而此时孤身一人的擎天柱面临着最意想不到的敌人在发现了失踪的火花的位置后巨无霸们争分夺秒地阻止威震天实现他的终极飞升本作探讨了机械与有机理性与感性等绝对问题的平衡追寻协调发展与共生