城市在恢复平静后大反派重新召集旧部卷土重来并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球忍者神龟莱昂纳多拉斐尔多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔奥尼尔韦恩芬威克及面具义警凯西琼斯并肩作战打击恶徒在史莱德逃脱拘留后他与疯狂的科学家巴克斯特斯托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合发布了一个控制世界的恶魔计划在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗神龟们面对的将是宇宙级的强大对手